این دوره از سال ۱۳۸۷ با هدف بهره‌برداری حداکثری از ظرفیت‌های علوم طبیعی و پرهیز از تنگناهای معرفتی این علوم ایجاد گردید و پس از مدت کوتاهی با استقبال و توجه دانشجویان و مجامع دانشگاهی روبرو شد.

این دوره شامل ۱۴ واحد درس اصلی، ۱۴ واحد درس اختیاری و ۴ واحد پایان نامه است. دروس اصلی ارایه شده در این دوره عبارتند از:

  • فلسلفه علم
  • فلسفه اسلامی
  • فلسفه غرب
  • منطق عمومی
  • فیزیک و فلسفه
  • منطق قدیم

از میان دروس اختیاری می‌توان به درسهایی مانند متافیزیک تطبیقی، جامعه شناسی معرفت، تئوری شناخت، فلسفه اطلاعات، فلسفه ذهن و تئوری های عقلانیت اشاره کرد.

تمامی دانشجویان این دوره در صورت رعایت چارچوب‌های قانونی می‌توانند پایان‌نامه (Thesis) را اخذ نمایند.