فلسفۀ علم به بررسیِ پیشفرضها، مبانی، روش‌ها و پیامدهای علومِ تجربی می‌پردازد. این که چگونه می‌توان علم را از شِبهِ‌علم تمیز داد؟ روش ِعلمی چیست و آیا در اساس، علم، روشمند است؟ علم چه هدف‌هایی را دنبال می‌کند؟ آیا علم، توصیفی مطابق با واقع از جهان به دست می‌دهد یا تنها ابزاری سودمند برای به خدمت گرفتنِ طبیعت است؟ و مفاهیمی چون قوانینِ طبیعت و تبیینِ علمی چه معنایی دارند؟ در شمارِ مسائلی هستند که در این شاخه از معرفتِ بشری پیگیری می‌شوند. فیلسوفانِ علم می‌کوشند تا دعاویِ علومِ تجربی را از منظرهای متفاوت، همچون معناشناسی، مابعدالطبیعه، معرفت‌شناسی و روش‌شناسی در لایه‌ای ژرف‌تر واکاوند. این پژوهش‌ها، مسائلِ فلسفیِ مربوط به علومِ خاص را نیز دربرمی‌گیرند. تحلیلِ مفاهیمِ بنیادینِ نظریه‌های علمی، مانند مفهومِ فضا-زمان و مفهومِ حیات، و نیز بررسیِ پیشفرضها و پیامدهای فلسفیِ آن نظریه‌ها، بر عهدۀ فیلسوفانِ علم است. شکل‌گیریِ حوزه‌هایی پویا همچون فلسفۀ فیزیک و فلسفۀ زیست‌شناسی، برآمده از همین واکاوی‌هاست. فلسفۀ علم با پیامدهای اخلاقی و الاهیاتیِ علومِ تجربی نیز پیوند دارد. دغدغه‌های اخلاقی دربارۀ شبیه‌سازیِ انسان، پاره‌ای نگرانی‌ها در خصوصِ پیشرفتِ چشمگیرِ هوشِ مصنوعی، پرسش‌های مطرح شده پیرامونِ نسبتِ فعلِ الهی با قوانینِ طبیعت و نیز مسائلِ مربوط به رویاروییِ تکامل‌گرایی و آفرینش‌گرایی، از جمله پیامدهای یادشده‌اند. بررسیِ این موارد، که البته ارتباطی تنگاتنگ با آموزه‌های فلسفۀ اخلاق و فلسفۀ دین دارد، بخش دیگری از دل‌مشغولی‌های فیلسوفانِ علم است.
دورۀ فلسفۀ علم با هدفِ بررسیِ تخصصیِ این گونه مسائل در سال ۱۳۸۷ شکل گرفت و پس از مدتِ کوتاهی با استقبالِ دانشجویان و مجامعِ دانشگاهی روبرو شد. این دوره شامل ۱۴ واحد درسِ اصلی، ۱۴ واحد درسِ اختیاری و ۴ واحد پایان نامه است. دروس اصلیِ ارائه شده در این دوره عبارت‌اند از:
فلسفۀ علم۱ (۳ واحد)
فلسفۀ غرب (۳ واحد)
فیزیک و فلسفه۱ (۲ واحد)
فلسفۀ اسلامی (۲ واحد)
منطقِ عمومی (۲ واحد)
منطقِ قدیم (۲ واحد)
از میان دروسِ اختیاری می‌توان به درس‌هایی مانند متافیزیک تطبیقی، معرفت‌شناسی، جامعه‌شناسیِ علم، فلسفۀ تکنولوژی، فلسفۀ اطلاعات و فلسفۀ ذهن اشاره کرد.
تمامی دانشجویانِ این دوره در صورتِ رعایتِ چارچوب‌های قانونی می‌توانند پایان‌نامه را اخذ نمایند.